La ventaja lograda en casa (1-0) ante Junior le permitió a nuestros Verdolagas clasificar a la semifinal de la Copa Águila, pues el empate sin goles en Barranquilla, llevaron a los dirigidos por Hernán Darío Herrera, a instalarse en esta instancia por sexta vez en la historia de este torneo que organiza la División Mayor de Fútbol.
La primera semifinal del Verde en la Copa se remite al año 2009 donde después de eliminar a La Sabana en octavos y Bucaramanga en cuartos de final, llegó a la semifinal para disputarla con Independiente Santa Fe. Dos años después volvería a esta instancia para enfrentar a Chicó, luego de eliminar a Huila y Real Santander.
En los años 2012 y 2013, nuestros nacionalistas conquistarían dos títulos en este torneo. En el 2012 disputó el cupo a los cuartos de final contra Santa Fe y en los cuartos a Tolima, donde logró el pase a la semifinal para enfrentar a Chicó y posteriormente jugar la final ante Pasto, logrando el primer título en la Copa. En el 2013 eliminó a Pasto, Deportes Quindío y Alianza Petrolera, este último rival en semifinal, para pasar a la última llave ante Millonarios y así sumar el segundo trofeo en esta Copa.
En el 2016 llegó el tercer título en esta Copa luego de eliminar a Real Cartagena, Patriotas y posteriormente a Santa Fe en semifinal, en esta ocasión Junior fue el rival de la gran final de este certamen que deja a nuestros Verdolagas como el más veces campeón de esta copa. Este año completa 6 semifinales de las cuales en 3 ocasiones ha salido campeón.
