Atlético Nacional ha participado en 6 oportunidades en este torneo internacional de las cuales ha enfrentado en cuatro ocasiones a equipos peruanos. La primera vez fue en semifinales en el año 2003 frente a Cienciano con derrota Verdolaga 2 a 1 en casa y 1 a 0 en territorio peruano.
Atlético Nacional ha participado en 6 oportunidades en este torneo internacional de las cuales ha enfrentado en cuatro ocasiones a equipos peruanos. La primera vez fue en semifinales en el año 2003 frente a Cienciano con derrota Verdolaga 2 a 1 en casa y 1 a 0 en territorio peruano. El segundo encuentro disputado fue en el año 2007 ante Universitario en la primera fase con victoria para el equipo verde en el partido de ida 1 gol por 0 en condición de visitante y en la vuelta por la mínima diferencia Atlético Nacional pasó a la siguiente ronda.
Para el 2013, el conjunto antioqueño volvería a tierras incas, esta vez frente a Inti Gas Ayacucho en la primera fase de la Copa, el primer partido disputado en casa con victoria para los locales 3 goles por 1 y el compromiso de vuelta en el estadio Ciudad de Cumaná con victoria nacionalista 4 goles por 0.
Finalmente, para el 2014 Atlético Nacional regresaría a Perú para disputar los cuartos de final frente a César Vallejo. El primer partido, Atlético Nacional derrotó por la mínima diferencia al equipo peruano en el Atanasio y en el estadio Mansiche ubicado en la ciudad de Trujillo, Perú, Nacional logra clasificar a la semifinal luego de vencer 1 gol por 0 al equipo local. Hoy por quinta vez se enfrenta a un equipo de esta región y por tercera vez en la primera fase pero frente a Deportivo Municipal.
