Desde que se reanudó la Copa Águila en el 2008, nuestros verdolagas han jugado 5 partidos ante Junior por instancias diferentes.
La primera vez fue en el 2015 en los octavos de final donde se ganó en el compromiso de ida y se perdió en la vuelta, quedando así eliminados de esa edición de la Copa. Para el 2016, en la gran final se obtuvo la victoria en los dos juegos, logrando el tercer título por Copa para la institución Verde.
Este año, nuevamente Junior apareció en el camino para disputar el cupo a la semifinal, ventaja que tienen los nacionalistas luego de ganar en el Atanasio Girardot 1-0 el pasado 13 de septiembre, con anotación de Daniel Bocanegra al minuto 51’.
