La Copa Colombia regresó en 2008 con la participación de los equipos de la Liga y el Torneo Águila. De las doce ediciones, incluyendo la actual, Atlético Nacional ha logrado cuatro títulos, convirtiéndose en el equipos con más campeonatos ganados.
De las cuatro Copas, dos fueron ganadas por el actual timonel verde, Juan Carlos Osorio, quien quiere repetir campeonato. Los cuatro títulos fueron:
2012: La coronación ante su público fue linda tras un torneo en el que solamente perdió una vez en 18 fechas y en el que en las últimas ocho jornadas de eliminación directa no perdió nunca, empató dos juegos y ganó seis. En la final Atlético Nacional derrotó a Deportivo Pasto.
2013: Atlético Nacional conquistó nuevamente la Copa y se convirtió en el primer bicampeón del torneo alterno en Colombia. El profesor Juan Carlos Osorio marcaba nuevamente historia derrotando en la final a Millonarios.
2016: Los hombres de la gesta en Barranquilla nos entregaron la vuelta olímpica 26 de la historia, pero además la felicidad de traerla desde la Costa Atlántica por primera vez al derrotar a Junior.
2018: Ese año fue una temporada de transición, pero el Verdolaga tenía el objetivo de seguir celebrando títulos. Tras dejar en el camino a Patriotas, Junior y Leones, Atlético Nacional venció a la final a Once Caldas con un golazo de tiro libre de Daniel Bocanegra.
Desde 2008 hasta 2018
PJ: 132 PG: 75 PE: 34 PP: 23 GF: 216 GC: 126
EL VERDOLAGA EN OCTAVOS
Atlético Nacional ha jugado todas las fases de octavos de final en las 12 ediciones de la Copa Águila.
2008: Unión Magdalena 2 – Nacional 2 | Nacional 4 – Unión Magdalena 0
2009: Nacional 4 – La Sabana 1 | La Sabana 1 – Nacional 3
2010: Chicó 2 – Nacional 2 | Nacional 2 – Chicó 1
2011: Nacional 3 – Huila 2 | Huila 0 – Nacional 1
2012: Santa Fe 2 – Nacional 2 | Nacional 3 – Santa Fe 0
2013: Pasto 0 – Nacional 3 | Nacional 1 – Pasto 0
2014: Cali 1 – Nacional 2 | Nacional 0 – Cali 1
2015: Nacional 1 – Junior 0 | Junior 2 – Nacional 0
2016: Nacional 1 – Real Cartagena 2 | Real Cartagena 0 – Nacional 2
2017: Nacional 2 – Huila 0 |Huila 1 – Nacional 1
2018: Nacional 1 – Patriotas 0 | Patriotas 0 – Nacional 1
